El proyecto LINCOS considera el diseño como un elemento básico, al lado de la comunidad y los factores educativos. El diseño es asumido como una herramienta para asegurarse el bienestar de las comunidades de un modo tangible, por medio de una adecuada distribución del espacio y un diseño coherente de los espacios logrando así un mayor aprovechamiento de los elementos disponibles en el proyecto. En todos los aspectos, el diseño se debe de ajustar a las necesidades de la comunidad, determinado por medio del diagnóstico y la subsiguiente realimentación, gracias a las visitas de control y el monitoreo posterior.

El diseño del toldo y de la Unidad, es el resultado de un esfuerzo conjunto que involucró arquitectura, diseño e ingeniería. Orientado para llegar efectivamente a aquellos que trabajan en la Unidad y todos aquellos miembros de la comunidad que se benefician a diario.

Una importante preocupación que tiene en mente los diseñadores, ha sido la de integrar las necesidades de la comunidad, desarrollo aplicado y protección ambiental, al usar materiales amigables con el medio ambiente. Los contenedores de transporte que ocasionalmente se utiixzan en los proyectos, fueron desechados por las compañías de transportes. Al reutilizar estos contenedores, se minimiza el impacto ambiental y se benefician las comunidades que los utilizan.

Actualmente, LINCOS cuenta con un grupo de profesionales con gran experiencia del Instituto Tecnológico de Costa Rica, el cual diseña y desarrolla las estructuras tensiles. Los ingenieros del programa evalúan cada uno de los componentes dentro de la Unidad, al verificar sí estas llenan las necesidades de la comunidad y si cumplen con los estándares de calidad. Además, estudiantes y pasantes de universidades de diseño de alrededor del mundo visitan LINCOS periódicamente; y ayudan a diseñar y rediseñar nuevas aplicaciones orientadas para resolver los problemas de las comunidades.